Slovo akvaponie se skládá ze dvou hlavních složek tohoto systému – akvakultury a hydroponie.
Jedná se o symbiotické soužití ryb, rostlin a prospěšných bakterií, které rozkládají odpadní látky vylučované rybami a zpřístupňují v nich obsažené živiny rostlinám.
Z technického hlediska se jedná o recirkulační systém intenzivního chovu ryb v umělých nádržích a přečerpávání vody do hydroponické části, ve které rostliny odeberou část živin pro svůj růst, voda se biologicky i mechanicky pročistí a putuje zpět do rybí nádrže.
Oproti běžnému chovu ryb se znečištěná voda nevypouští do prostředí, ale neustále cirkuluje v systému.
Jedná se tak o velice ekologický způsob chovu ryb.